特别提示:包括Real-Time PCR预混反应液(染料法)在内,本公司的所有产品仅可用于科研实验,严禁用于临床医疗及其他非科研用途!
产品名称:Real-Time PCR预混反应液(染料法)
英文名称:SuperReal PreMix Plus(SYBR Green)
产品货号:WH0103
产品规格:125次|500次|5000次
本制品是Real-Time PCR专用试剂,使用简单方便,独特双组分热启动DNA聚合酶,添加独特H-Bond因子的Buffer体系和单独包装的ROX等优点外,因对Buffer精心调整,可更有效地减少引物二聚体和非特异性扩增的产生,使其具有更高的扩增特异性和广泛模板适应性的特点。
本试剂盒采用了独特的双组分热启动DNA聚合酶进行PCR扩增,通过检测反应进程中SYBR Green I的荧光强度,达到检测PCR产物扩增量的目的。
本试剂盒中双热启动酶构成了独特的酶活自动调节系统。酶活自动调节系统是由化学修饰的HotStar Taq DNA聚合酶和抗体修饰的Anti Taq DNA聚合酶组成。其中HotStar Taq DNA聚合酶占大部分比例,其聚合酶活性的激活是严格依赖于95℃高温的一个缓释过程,而Anti Taq DNA聚合酶则在95℃高温下完全激活。经过95℃条件下孵育15min激活大部分HotStarTaq DNA聚合酶,进入PCR循环后,每经过一轮95℃条件下变性,即可重新激活一部分HotStar Taq DNA聚合酶。HotStar Taq DNA聚合酶独特的酶活缓释机制使其可以与Anti Taq DNA聚合酶构成独特的酶活自动调节系统。PCR反应初期,完全激活的Anti Taq DNA聚合酶可以协同已经激活的HotStar Taq DNA聚合酶达到zuì佳酶活状态,而在整个PCR反应过程中,每一轮新释放的HotStart Taq DNA聚合酶活力刚好可以弥补因热变性所导致的部分酶活损失。因此,SuperReal PreMix Plus在整个PCR反应过程始终保持zuì佳的DNA聚合酶活力,配合精心优化Buffer体系,从而可以获得高扩增效率,高扩增特异性和更加广泛性的模板适应性。
产品特点:
· SuperReal PreMix Plus采用了独特的双组分热启动DNA聚合酶(化学修饰的HotStar Taq DNA聚合酶和抗体修饰的Anti Taq DNA聚合酶),从而构成酶活自动调节系统,配合精心优化buffer体系,具有高扩增效率,高扩增特异性和宽广的可信范围的特点。
·本产品Buffer体系平衡了K+和NH4+的比例,还特别添加了独特的H-Bond因子,能协同调整反应体系中的氢键作用力,使引物模板退火条件更加严谨,反应的专一性增强,重复性更好。
· SuperReal PreMix Plus中预混有SYBR Green I,PCR反应液配制时,只需加入模板、引物、灭菌蒸馏水便可进行Real Time PCR反应,操作简单方便。
·本产品附带ROX Reference Dye,用于消除信号本底以及校正孔与孔之间产生的荧光信号误差,方便客户针对不同型号荧光定量PCR仪时选择对应浓度使用。
应用范围:
广泛地适用于在ABI(PRISM 7000/7300/7700/7900HT/Step One/7500/7500 Fast)、Stratagen(Mx3000P/Mx3005P/Mx4000)、Roche、Bio-Rad和Eppendorf等各种荧光定量PCR仪上采用SYBR Green法进行基因表达分析和核酸检测等实验。
试剂盒组成:
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组分
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20μl×125次
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20μl×500次
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20μl×5000次
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2×SuperReal PreMix Plus(SYBR Green)
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1.25ml
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4×1.25ml
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40×1.25ml
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50×ROX Reference Dye
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250μl
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1ml
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10×1ml
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RNase-Free ddH2O
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2×1ml
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5×1ml
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50×1ml
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储存条件:收到本产品后,请立即置于-20℃避光保存。从-20℃取出使用时,将冻存的2×SuperReal PreMix Plus和50×ROX Reference Dye融解,然后轻轻颠倒混匀,待溶液完全均一后再行使用。如解冻后没有使用,须彻底混匀后重新冷冻(在解冻过程中盐会出现分层现象,未混匀进行冷冻,盐晶体的析出将会对酶造成损害)。如需一段时间内经常取用,可在2~8℃条件下储存3个月。避免反复多次冻融。
注意事项:请务必在使用本试剂盒之前阅读此注意事项。
1.PCR反应的预变性条件必须设定为95℃ 15min,用以充分激活热启动酶。
2.本产品中含有荧光染料SYBR Green I,保存本产品或配制PCR反应液时应避免强光照射。
3.如果试剂没有混匀,其反应性能会有所下降。使用时请上下颠倒轻轻混匀,请不要使用振荡器进行混匀,尽量避免出现泡沫,并经瞬时离心后使用。
4.引物纯度对反应特异性影响很大,建议使用PAGE级别以上纯化的引物。
5.引物终浓度为0.3μM可以在大多数体系中获得良好的扩增结果。如果需要进一步优化,可以在0.2-0.5 μM范围内调整引物浓度。
6.20μl反应体系中,基因组DNA或cDNA模板的使用量一般小于100ng,逆转录产物作为模板时,使用量应不超过PCR体系终体积的20%。
操作步骤:
一、建立Real-Time PCR反应体系:
请注意将2×SuperReal PreMix Plus和50×ROX Reference Dye避光保存。
1.溶解2×SuperReal PreMix Plus(如果保存在-20℃),50×ROX Reference Dye,模板,引物和RNase-Free ddH2O,并将所有试剂在室温下平衡并彻底混匀。
2.建议置于冰上进行Real Time PCR反应液的配制。
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成分
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50μl体系
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25μl体系
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20μl体系
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终浓度
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2×SuperReal PreMix Plus
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25μl
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12.5μl
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10μl
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1×
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正向引物(10 μM)
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1.5μl
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0.75μl
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0.6μl
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0.3μM
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反向引物(10 μM)
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1.5μl
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0.75μl
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0.6μl
|
0.3μM
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cDNA模板
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-
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-
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-
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-
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50×ROX Reference Dye
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-
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-
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-
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-
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RNase-free ddH2O
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至50μl
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至25μl
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至20μl
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-
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*引物终浓度为0.3μM可以在大多数体系中获得良好的扩增结果。扩增效率不高时,可增加PCR反应体系中的引物浓度;发生非特异扩增时,可适当减少PCR反应体系中的引物浓度。需要进一步优化引物浓度的,可以在0.2~0.5 μM范围内调整。
几种常见仪器的zuì适ROX Reference Dye浓度如下:
ABI PRISM 7000/7300/7700/7900HT/StepOne等:5×(例如:5 μl ROX/50 μl体系)
ABI 7500、7500 Fast;Stratagene Mx3000P、Mx3005P和Mx4000等:1×(例如:1 μl ROX/50 μl体系)
Roche仪器,Bio-Rad仪器,Eppendorf仪器等:无需添加
二、进行Real time PCR反应:
建议采用两步法PCR反应程序进行反应。当出现模板浓度过低引起非特异扩增,引物Tm值较低导致的扩增效率低下或扩增曲线重现性不佳等现象时,建议尝试进行三步法PCR扩增反应。
两步法反应程序:
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阶段
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循环
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温度
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时间
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内容
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荧光信号采集
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预变性
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1×
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95℃
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15min
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预变性
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否
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PCR反应
|
40×
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95℃
|
10sec
|
变性
|
否
|
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60-66℃△1
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20-32sec*
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退火/延伸
|
是
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熔解曲线分析(Melting/Dissociation Curve Stage)
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三步法反应程序:
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阶段
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循环
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温度
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时间
|
内容
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荧光信号采集
|
|
预变性
|
1×
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95℃
|
15min
|
预变性
|
否
|
|
PCR反应
|
40×
|
95℃
|
10sec
|
变性
|
否
|
|
50-60℃△2
|
20sec
|
退火
|
否
|
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72℃
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20-32sec*
|
延伸
|
是
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熔解曲线分析(Melting/Dissociation Curve Stage)
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△1请先使用60℃ 32 sec(20 sec,30 sec,31sec.)进行扩增。如果需要进一步优化,可以尝试在60-66℃范围内进行。
△2通常引物退火温度比引物的解链温度(Tm)低5℃,如果引物碱基数较少,可以适当提高退火温度,这样可以使PCR的特异性增加;如果碱基数较多,那么可以适当减低退火温度。
*使用不同型号仪器进行时间设定时,请按照仪器使用说明书要求进行实验操作,几种常见仪器的时间设定见下表:
使用时Roche LightCycler/LightCycler 480请设定在20 sec。
使用ABI 7500 Fast/7900HT/7900HT Fast/ViiA 7/StepOne/StepOnePlus时请设定在30 sec。
使用ABI 7000和7300时请设定在31 sec。
使用ABI 7500时请设定在32 sec。
3.盖上反应管,轻柔混匀。可短暂离心,确保所有组分均在管底。
4.将反应体系置于荧光定量PCR仪中,开始反应。
进行RT-qPCR反应时的操作建议:
进行RT-qPCR反应时,有两种cDNA链合成试剂盒可以选择,分别是QuickQuant cDNA链合成试剂盒(WH0098)和Bais
cript II cDNA链合成试剂盒(WH0099)。其中,QuickQuant cDNA链合成试剂盒是专为两步法RT-qPCR步实验配制的,具有高灵敏度的RT-qPCR反应系统,可以从低量的总RNA或poly (A)+RNA合成链cDNA。该试剂盒中使用的逆转录酶Quant Reverse Trans
criptase与通常使用的Moloney鼠白血病病毒来源的M-MLV和鸟成髓细胞病毒来源的AMV不同,是一种使用大肠杆菌工程菌进行重组表达的全新逆转录酶。该酶能够转录多种RNA模板,zuì大限度将RNA转录成cDNA链。
引物设计说明:
进行Real Time PCR反应时,PCR引物的设计非常重要。设计PCR扩增效率高,反应特异性强的引物可以参考以下要求
1.引物长度:18-30个碱基。
2.GC含量:40-60%
3.Tm值:引物软件都可以给出Tm,与引物长度,碱基组成,引物使用缓冲的离子强度也有关。上下游引物的Tm值要尽量接近。简单的Tm计算公式为:Tm = 4℃(G + C)+ 2℃(A + T)。一般采用较引物Tm值低5℃作为PCR退火温度。提高退火温度可以增加PCR反应的特异性。
4.引物及PCR扩增产物序列:PCR扩增产物长度zuì好在80-200 bp之间。尽量避开在模板的二级结构区域设计引物。避免上下游引物3′端之间形成2个或以上的互补碱基以减少引物二聚体的形成。引物3"端碱基不能有多于3个连续的G或C。引物自身不应存在互补序列,否则引物自身会折叠成发夹状结构。避免引物3"末端碱基为T。引物序列中A、T、G、C要尽量均匀分布。
常见问题:
1.无扩增信号或扩增曲线起峰晚或仅有引物二聚体
原因:DNA模板中存在抑制剂
解决方法:重新纯化模板或降低模板使用量
原因:Mg2+浓度不合适
解决方法:使用2×SuperReal PreMix Plus时,PCR反应体系中Mg2+的终浓度为2mM。对有些扩增体系,可以将Mg2+终浓度提高到5 mM。进行Mg2+终浓度优化时,建议每次增加0.5 mM Mg2+浓度进行实验。
原因:加样错误或试剂问题
解决方法:检查试剂浓度和保存条件,包括所使用的引物和模板。重复进行实验。
原因:热启动酶未能激活
解决方法:使用试剂时,请确保预变性条件为95℃ 15min,用以有效激活热启动DNA聚合酶。
原因:PCR条件、引物序列或浓度不当
解决方法:请确认引物未发生降解,引物浓度及PCR条件,浓度不当时,通常先尝试降低退火温度,延长退火时间和提高引物浓度,有时也可以提高退火温度,增加延伸时间,降低升温速度。对于GC含量高的模板,可以适当延长变性时间。如果还是扩增不好,请重新设计引物。
原因:起始模板问题
解决方法:检查起始模板的浓度,保存条件和质量。重新对模板进行线性梯度稀释,并用新稀释模板进行实验。增加起始模板使用量。
2.NTC出现较高的荧光值
原因:试剂污染
解决方法:建议使用新试剂进行实验。
原因:PCR反应液配制时发生污染
解决方法:采取必要的防污染策略(如使用带滤芯的枪头)
原因:引物出现降解
解决方法:可以使用变性聚丙烯酰胺胶检测引物降解情况。
3.出现引物二聚体和(或)非特异扩增
原因:Mg2+浓度不合适
解决方法:使用2×SuperReal PreMix Plus的反应体系含有Mg2+的终浓度为2mM。对有些扩增体系,可以将Mg2+终浓度增加到5 mM。建议每次增加0.5 mM Mg2+浓度进行优化。
原因:PCR退火温度太低
解决方法:建议每次增加2℃进行退火温度优化。
原因:引物设计不合适
解决方法:考虑重新设计引物序列。
原因:PCR产物太长
解决方法:荧光定量PCR产物长度zuì好在100-150 bp之间,而且不应该超过500 bp。
原因:引物出现降解
解决方法:可以使用变性聚丙烯酰胺胶检测引物降解情况。
原因:计量误差
解决方法:反应体积太小会导致检测精度下降。请根据定量PCR仪推荐的反应体积重新实验。
4.定量值重现性差
原因:仪器方面的故障
解决方法:因为仪器的不适用,在温度管理或检测时产生重现性差。请根据相应仪器的说明书进行点检。
原因:样品纯度不好
解决方法:不纯的样品会导致实验的重现性差。
原因:稀释的模板放置太久
解决方法:通过梯度稀释的模板zuì好现配现用。
原因:引物质量下降
解决方法:尽量避免新合成引物批次间的差异,可以使用原来质量好的引物做为对照。
原因:PCR反应条件、引物浓度、序列等不恰当
解决方法:扩增效率差的PCR较容易产生重现性差。通过变更引物的浓度或PCR反应条件来进行调整。扩增不好时,一般可降低退火温度或提高引物浓度,也可以延长延伸时间。如模板的GC含量较高,可延长变性时间。仍得不到改善时,建议重新设计引物
原因:计量误差
解决方法:反应体积太小会导致检测精度下降。请根据定量PCR仪推荐的反应体积重新实验。
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本产品是dATP、dTTP、dGTP、dCTP四种核苷酸的混合液,每种核苷酸的浓度为10mM,纯度在98%以上(HPLC检测),不含DNA内切酶、DNA外切酶、RNA酶和磷酸酶的污染,可以直接用于PCR、RT-PCR、cDNA合成、DNA测序、DNA探针标记等反应。使用浓度根据具体的反应决定,请参考相关手册。
储存条件:低温运输和-20℃保存、有效期一年。
DNA为何使用2"-脱氧核糖和胸腺嘧啶?
DNA为何不选择现成的光合作用产物核糖和合成RNA的原料尿嘧啶(uracil)分别作为其糖分子和碱基,而去选择需要额外的合成步骤才能得到的2"-脱氧核糖和胸腺嘧啶(thymine),其原因何在呢?目前的主流观点是:DNA不能选择核糖的原因之一是由于核糖2"位置上的OH基团会使得到的双螺旋骨架结构不均匀、不平行,难以有效地折叠进染色体结构中,而使用2"-脱氧核糖则能得到均匀平行的双螺旋结构;原因之二是核糖2"位置上的OH基团会对邻近的磷酸二酯键进行分子内亲核攻击,降低分子的稳定性,而对遗传物质来说稳定性十分重要,所以DNA选择了失去分子内亲核攻击能力的2"-脱氧核糖。对信使分子而言,稳定性并不重要,所以RNA仍然使用核糖。
DNA使用胸腺嘧啶的原因是DNA中的胞嘧啶(cytosine)会缓慢水解变成尿嘧啶,如果尿嘧啶也是DNA的正常组成成份,则DNA修复系统就不能区分哪些尿嘧啶是正常的,哪些是需要修复的。使用胸腺嘧啶(比尿嘧啶分子多一个甲基)不但能保持跟尿嘧啶一样的形成碱基对的能力,同时又能跟尿嘧啶区别开来,使DNA分子中出现的任何尿嘧啶都能被尿嘧啶DNA糖苷酶(uracil-DNA glycosylase)发现和修复。
名称:Pfu DNA聚合酶(Pfu酶)(含buffer)
货号:YT372
规格:200U|1000U
pfu DNA 聚合酶简称Pfu酶,是zuì常用的高保真DNA聚合酶之一。Pfu DNA Polymerase是一种来源于嗜热菌Pyrococcus furiosus的高度热稳定的DNA聚合酶。Pfu酶的分子量为90kDa。Pfu酶可以催化5’至3’方向的依赖于DNA模板的脱氧核苷酸的聚合。和Taq酶不同,Pfu酶有3’至5’的外切酶活性(proofreading activity)。另外,Pfu酶有5’至3’外切酶活性,但Pfu酶没有反转录酶活性。
由于Pfu酶有3’至5’的外切酶活性,因此在PCR扩增过程中出错的几率大大降低,出错率为2.6×10e-6。Pfu的出错率不仅远远低于Taq酶,也低于一些其它的高保真DNA聚合酶例如Vent、DeepVent、Pwo、Tli等,因此Pfu酶常作为选的高的高保真DNA聚合酶。
来源:本Pfu DNA Polymerase为recombinant Pfu DNA Polymerase,通过大肠杆菌表达纯化获得,和纯化获得的天然Pfu DNA Polymerase在各方面的性质相同。
用途:高保真PCR (high fidelity PCR)、点突变、双平端PCR克隆等。
1)Pfu酶扩增出来的DNA片断为双平端,可以用于双平端克隆,但不能用于常规的T载体克隆。
2)dUTP和dITP或含有dUTP和dITP的引物不能用于Pfu酶介导的PCR扩增反应。
活性定义:One unit of the enzyme catalyzes the incorporation of 10 nmol of deoxyribo
nucleotides into a
polynucleotide fraction (adsorbed on DE-81) in 30 min at 72℃. Enzyme activity is assayed in the following mixture: 20 mM Tris-HCl (pH 8.8 at 25℃), 2 mM MgSO4, 10 mM (NH4)2SO4, 10 mM KCl, 0.1% (v/v) Triton X-100, 0.1 mg/ml BSA, 0.75 mM activated calf thymus DNA, 0.2 mM of each dNTP, 0.4 MBq/ml [3H]-dTTP.
纯度:不含DNA内切酶、外切酶和磷酸酯酶,不含RNA酶,满足常规PCR反应要求。
酶储存溶液:20 mM Tris-HCl (pH 8.2), 1 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 100 mM KCl, 0.1% (v/v) No
nidet P40, 0.1% (v/v) Tween 20 and 50% (v/v) glycerol。
10×Pfu Buffer (with Mg2+):200 mM Tris-HCl (pH 8.8 at 25℃), 100 mM (NH4)2SO4, 20 mM MgSO4, 100 mM KCl,1% (v/v) Triton X-100, 1 mg/ml BSA。
失活或抑制:酚氯fǎng抽提可以使Pfu酶失活。
储存条件:-20℃。
注意事项:
1)由于PCR反应非常灵敏可以扩增目的基因序列超过1000万倍,在使用Pfu酶时请注意避免微量待扩增DNA的污染,并尽量考虑设置不加模板的空白对照以确认是否有待扩增DNA的污染。
2)Pfu DNA polymerase在扩增DNA片断时的出错率非常低,但其扩增效率也比较低。对于出错率要求不高的情况,例如RT-PCR进行定量或半定量,推荐使用Taq DNA polymerase。在扩增效率和出错率需要兼顾的情况,可以选择YTTaq DNA polymerase。在扩增2kb以下DNA片断时,Pfu酶和Taq酶的扩增效率相近。在准确性要求很高的情况下,须选择Pfu酶。
3)Pfu酶有3’至5’的外切酶活性,在没有dNTP的情况下可以降解引物。因此Pfu酶一定要zuì后加入,并且要在冰浴上操作。
4)不能使用Taq酶的PCR Buffer来替代Pfu酶的PCR Buffer。
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