动物的摄食受到生物钟的调控。反过来，进食时间在校准外周生物钟方面也起着关键作用。研究者发现，由于正常小鼠是夜间活动的动物，它们倾向于在夜间进食，Per1/2-/-小鼠则不论时候，全天开吃。有鉴于此，研究者们假设，小鼠肠道内菌群的波动可能与摄食模式相关。他们设计了一个定点喂食的实验，将正常小鼠分为两组，分别仅在“白天”或“夜晚”喂食。  

       这样喂食2周后，研究者每6小时采集一次小鼠粪便菌群样本，连续采集2天。他们发现，只能在“夜晚”进食的小鼠，肠道菌群的变化与随意进食的正常小鼠的菌群相似，反映出夜行性啮齿类的进食习惯。相比之下，只能在“白天”进食的小鼠，肠道菌群的周期性变化发生了明显的相移，峰值期和低值期几乎都移动了12个小时，并使得某些细菌（如Candidatus Arthromitus ）表现出更强的昼夜周期性变化。研究者在Per1/2-/-小鼠进行了相同的实验，发现尽管小鼠的昼夜节律被破坏，但规律的摄食能让小鼠肠道菌群的昼夜周期性变化重新建立起来。这些结果提示，肠道菌群的变化会直接受到摄食时间的影响。

       研究者们在小鼠身上模拟人的时差反应，观察肠道菌群所受的影响。小鼠们每3天将遭遇一次“倒时差”——过了3天正常日子后，第4-6天的“白天”会比前三天提前了8小时，从第7天起又恢复前3天的时间。4周以后，小鼠倒出“时差病”，进食不规律，肠道菌群的昼夜周期性变化也被破坏。“倒时差”实验进行到4个月后，即使喂食正常的食物，有“时差反应”的小鼠还是出现了超重和脂肪量增加的情况。将超重小鼠的肠道菌群移植到无菌小鼠中，后者也出现了超重和葡萄糖耐量降低的现象。这些结果进一步表明，与时差反应相关的代谢问题，与肠道菌群的失调有所关联。