1、新引进的 菌种经形态、染色、培养性状、生化特性等的鉴别 , 确定后作记录，并进行保存。

2、长期保存的储存菌株以 冷冻干燥保藏为主， 特殊要求的菌种可用其它方法进行保存，保存期可长达几年至几十年。

3、半储存菌株以含20%甘油的肉汤或液体 石腊封存的半固体琼脂为主，在0℃以下保存，保存期为3－6个月。

4、应用菌株以琼脂斜面为主，在4℃保存， 保存期为1－3个月。

5、菌种的 传代不可超过6次。视菌种的特性及使用情况，一般储存菌株每5年传记代一次，每1-2年从储存菌株转接至半储存菌株，半储存菌株每3-6个月传代一次，每1-3个月从半储存菌株转接接至应用菌株。

6、每次检验用的菌株必须是从应用菌株转接的新鲜菌株。每支应用菌株用两次后必须销毁（121℃，0.1MPa高压灭菌处理15分钟以上）。

7、各级保存的菌株应有明确的编号、名称、 传代数、日期等到标识。

8、菌种的收发、保存、使用、传代等应及时认真详细地登记，以备查核。

9、在保存过程中，如发生污染退化等问题，应及时报告，以便处理。
根据菌株的定义,菌株实际上是某一微生物达到“遗传性纯”的标志,一旦菌株发生 变异,均应标上新的菌株名称。当进行 菌种保藏、筛选或科学研究时,在进行学术交流或发表论文时,在利用菌种进行生产时,都必须同时标明该菌种及菌株名称。菌株间在某些特性上存在着或多或少的差异.有一定的 编号.如生产 蛋白酶的为 枯草杆菌1398，生产淀粉酶的为枯草杆菌7658，同M属枯草杆菌，但其作用不同.具有典型特征的菌株为标准株，是和所公认的.可供细菌鉴定或研究、生产上对比使用，如筛选 青霉素的标准株是 金黄色葡萄球菌209P； 结核杆菌强毒标准株是H37RV等。