粪便标本的检测对判断消化系统疾病有重要参考价值。采集时要求用干净的竹签选取含有粘液、脓血等异常病变成分的粪便，对外观无异常的粪便须从表面、深处及粪端多处取材。找寄生虫虫体及作虫卵计数应收集24小时粪便。查痢疾阿米巴滋养体应于排便后立即检查，从有脓血和稀软处取材，保温送检。查日本血吸虫虫卵时应取粘液、脓血部分，孵化毛蚴时至少留取30g粪便，且需尽快处理。检查蛲虫卵须用透明薄膜拭子于晚12时或清晨排便前自肛门周围皱襞处拭取并立即镜检。隐血试验（化学法），试验前3日禁食肉类及含动物血食物并禁服铁剂，维生素C等。所有粪便标本采集后1小时内应检查完毕，以防止有形成分受消化酶及pH的破坏。

与脑脊液标本一样，采集后的标本注意安全，及时送检。一般也分装三管，一管作常规细胞学检查，一管生化检查，一管细菌培养，顺序以与脑脊液相同为宜。