特别提示:包括一站式DNA非变性PAGE电泳套装在内,本公司的所有产品仅可用于科研实验,严禁用于临床医疗及其他非科研用途!
产品名称:一站式DNA非变性PAGE电泳套装
英文名称:One-Stop DNA Native PAGE Pack
产品货号:BTN100205
产品规格:30次
本品就是专门用于非变性PAGE的试剂。非变性PAGE电泳是研究SSCP-PCR(single-strand co
nformation polymorphism-PCR、单链PCR片段构象多态性)和凝胶滞阻(Gel Shift)的重要研究手段,因为在非变性PAGE中,DNA的迁移率除跟长短相关外,还跟其构象和结合的蛋白质相关。
产品特点:
1.一站式,用户只需要准备水和样品,十分方便。
2. 安全,免去了实验人员接触粉末状的剧毒物品丙烯酰胺。
3. 灵活,高浓度的丙烯酰胺溶液可用于配制各种浓度的PAGE胶,分开提供的丙烯酰胺和甲叉双丙烯酰胺可用于配制各种交联度的PAGE胶。
4. PAGE电泳后可直接用于银染等后续试验。
产品组成:
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成分
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规格
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保存
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丙烯酰胺
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60g
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室温
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甲叉双丙烯酰胺
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2g
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室温
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TEMED
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1.5ml
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4℃,避光
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过硫酸铵(干粉)
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1g
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室温
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非变性PAGE上样液,2×
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1ml
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4℃
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10×TBE(BTN90313)
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250ml
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室温
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说明书
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1份
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储存条件:常温运输,保存条件见上表,有效期一年。
使用方法:
用于SSCP-PCR分析的非变性PAGE电泳(其他应用请相应修改参数)
一、PAGE浓度的选择:zuì好使用浓度为5-12%的丙烯酰胺胶,因为SSCP-PCR的扩增长度一般在150-200bp之间,而5%的PAGE的有效分辨范围为80-500bp、8%的PAGE的有效分辨范围为60-400bp、12%的PAGE的有效分辨范围为40-200bp。
二、PAGE交联度的选择:交联度越低,孔径越大,对DNA分子构象的变化越灵敏,SSCP分辨率越高,但过低则胶太软,不好进行电泳后的后续操作,所以一般选择1-2%的交联度(即丙烯酰胺:甲叉双丙烯酰胺在49:1到48:2之间)。
三、体积的选择:SSCP-PCR检测需要长约30-40cm的测序胶板,可以结合梳子的厚度,计算胶的体积。
操作:
1. 配制PAGE胶(这是配制100mL胶的用量,配制更大体积的胶则需以此用量为基础按比例增加)
A:新鲜配制10%的APS(过硫酸铵):按每0.1克过硫酸铵干粉加1mL超纯水的比例将水加到装有硫酸铵干粉的1.5mL EP管中,摇晃到粉末全部溶解。配制好的10%的APS溶液可以在4℃存放一周。
B:新鲜配制适当交联度29:1的30%的丙烯酰胺-甲叉双丙烯酰胺溶液(AB溶液,下同):在本产品提供的装有60 g丙烯酰胺干粉的塑料瓶中加入146mL自备的去离子水和全部的甲叉双丙烯酰胺,充分摇晃直到溶解(约需10-20分钟),即得到30%的AB(29:1)溶液。此溶液zuì好在一个月内用完,必须4℃避光保存。
C:配SSCP PAGE胶:在一个250mL的三角瓶中,先按下表的用量加入去离子水、30% AB溶液溶液和10×TBE缓冲液。丙烯酰胺单体溶液具有神经毒性,一定要戴手套操作。
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PAGE胶浓度
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各成分用量(单位:ml)
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总体积(ml)
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去离子水
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30%AB溶液
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10×TBE缓冲液
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5%
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73.4
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16.6
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10.0
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100
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6%
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70.0
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20.0
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10.0
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100
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7%
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66.7
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23.3
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10.0
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100
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8%
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63.3
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26.7
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10.0
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100
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9%
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60.0
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30.0
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10.0
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100
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10%
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56.7
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33.3
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10.0
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100
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11%
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53.3
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36.7
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10.0
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100
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12%
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50.0
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40.0
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10.0
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100
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注:有大量文献报道PAGE胶中加入5%-10%的甘油能提高某些位点的分辨率。如果选择加入10%的甘油,则减少去离子水的用量10mL,同时加入10mL甘油。
D:摇晃混匀。zuì好能抽真空10-15分钟以去除溶液中的氧气(氧气能抑制丙烯酰胺聚合反应),无条件也可以不脱氧。
E:加入500μL 10%APS和100μL TEMED,迅速摇匀后倒胶。
F:在胶的液面距离达到顶部时停止灌胶,插入梳子。
G:室温聚合30-60分钟(低温抑制聚合反应)。
H: 拔出梳子,用1×TEB液冲洗加样孔。
I: 放4℃冰箱预冷30分钟-12小时。为了防止胶收缩,zuì好顶部加少量1×TBE缓冲液。预冷的胶有利于保持单链DNA的构型。
2. 将预冷的凝胶板固定在电泳装置上,往上槽和下槽中加入足够1×TEB电泳液。
3. 取3-5μl SSCP-PCR样品,加入等体积2×非变性PAGE上样液,85℃处理5分钟后冰浴。用前短暂离心后取2μl上样。
4.连接电源线,打开电源开关。如果PAGE中不含甘油,则使用25W的功率,电泳5-7小时(对3—40cm长的PAGE胶而言)。如果使用含甘油的PAGE,则使用8W的功率,电泳16-18小时。由于温度变化过大会改变DNA构型,所以电泳时zuì好能保持恒温。对不含甘油的PAGE,zuì好恒温在4℃、对含甘油的PAGE,zuì好恒温在25℃。
5. 终止电泳,取出凝胶进行后续的处理(如银染)。
疑难解答:
一、为何SSCP-PCR带型有复合条带?
原因之一:可能是残留的PCR引物跟单链的DNA结合形成迁移率不同的条带。解决方法是稀释PCR或电泳前将PCR产物进行纯化。
原因之二:可能是PCR产物用量过高,彼此复性。解决办法是将PCR产物稀释后4-8倍后使用。
二、如何提高电泳分辨率?
可以在配胶时加入甘油(终浓度为5%-10%),因为甘油是弱变性剂,能部分展开DNA折叠结构,增加表面积,增加电泳时位移差异。但加入甘油后粘性变大,电泳速度变慢,因此只适合室温电泳使用,不要4℃电泳。如果条件允许,zuì好同时做加甘油和不加甘油的电泳实验。
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货号
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名称
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规格
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BTN151103
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超级电泳液
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100mL
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BTN130958B
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蓝色DNA上样液(6×,非甘油)
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10mL
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BTN3690A
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红色DNA上样液,6×
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10mL
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BTN3130B
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三合一RNA上样液(B型,6X)
|
1.5mL
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BTN140234
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SYBR Green Ⅱ核酸染料(10000×)
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100μL
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BTN61201
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电泳级耐热型SYBR染料
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50μL
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关注
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名称:超快核酸电泳液(干粉)
货号:BTN51210
规格:50L
SuperBuffer-2是我司在SuperBuffer基础上开发的DNA/RNA 两用快速电泳液。它跟SuperBuffer一样,能以高达30 V/cm的电压电泳,达到快速电泳的目的。跟SuperBuffer 不同的是,本产品对盐离子浓度敏感度低,同时还能用于RNA电泳。
产品特点:
1.快速,电泳时间短,对分辨率要求不高的电泳(如PCR和酶切检测等)甚至可以在5-10分钟内完成。
2. 不影响后续的Southern杂交,DNA胶回收和DNA连接等反应。
3. 价格与TBE(干粉)相当甚至更。
4. DNA胶回收率高于使用TAE和TBE电泳的胶回收。
储存条件:常温保存和运输,有效期两年。
使用方法:
一:溶液的配制
将本产品全部加到一个干净的容量适当的容器中,按下表的用量加入蒸馏水并在室温下用磁力搅拌器搅拌,直到干粉完全溶解(一般需要30分钟左右)。
配法一(配制20X浓缩液):加2.5升得到20×工作液
配法二(直接配制工作液):加水50升得到50×工作液
注:其他浓度的浓缩液配制可以按比例计算,但浓缩液浓度不能超过20×,否则干粉不能全部溶解。由于干粉含多种未彻底混合均匀的成份,所以必须一次性全部用于溶液的配制。如果缓冲液(浓缩液或工作液)长时间不用,zuì好灭菌后放4℃长期保存。
二:DNA电泳
将SuperBuffer-2浓缩液用蒸馏水稀释到1×,除了需要使用较高电压才能得到快速的电泳结果外,操作跟使用TAE和TBE基本一样。需注意的地方是:
1.电压:在SuperBuffer-2溶液中既可以使用常规电压,也可以使用较高电压,只是使用常规电压时,其快速的优越性就体现不出来。使用较高电压时,由于各电泳槽结构不同,zuì佳电压需要稍做摸索。次zuì好将工作电压调到zuì高电压的80%左右,即平均25 V/cm(电距离)。对一般minigel,一般可以用250-350V 跑5-10分钟;对大的电泳槽,可用400-450V 跑5-10分钟。每次根据电泳结果和缓冲液温度决定各电泳槽的zuì佳工作电压和时间。一般电压越高,电泳时间越短。若在电泳时发生电流或电压逐渐下降的现象,请检查电泳仪是否设置了电流上限或功率上限。缓冲液电泳次数超过3次或缓冲液中有细菌/真菌生长也会出现此现象,需要更换新的缓冲液。
2.胶浓度:建议将琼脂糖凝胶的浓度控制在0.8%左右,对于长度在100bp以下的DNA片段,可以将琼脂糖凝胶的浓度提高到1.2%左右。由于每次溶胶过程中会丢失水份,所以zuì好在溶胶后适当补充水份(可以前后称重),否则胶浓度会逐渐增加,DNA的移动速度会减低、产热会增加。使用0.8%左右的琼脂糖凝胶的好处是一方面可以节约胶的用量,另一方面可以使DNA的泳动速度更快,同时还能够提高DNA的回收率。
3.染色:如果使用EB,zuì好把染料加入到融化后的凝胶中(只是EB的终浓度zuì好为0.4 -0.5μg/mL,比使用TAE和TBE时稍高),但也可以加入到电泳缓冲液中或/和电泳上样液中。如果使用百奥莱博低毒染料绿如蓝,zuì好将染料加入到融化后的凝胶中。如果只有胶中有染料,则长时间电泳后(超过20分钟),大部分染料在高压下会与DNA 分离,DNA 条带可能会看不见或看起来很淡,此时应该再染色一次。在染色液中加入一定的量的NaCl(终浓度≥0.05 mol/L)能提高染色效果。SuperBuffer-2与SYBR Green I 也有良好的兼容性,可以结合使用。
4. DNA 条带扭曲:DNA样品中所含SDS 量过高时(SDS 主要来于上样液),DNA条带将出现扭曲,影响实验效果。建议使用不含SDS的上样液。
5. 反复使用:1×SuperBuffer-2电泳液至少可以重复使用2-3次,如果使用大电泳槽,可以重复使用的次数会更多。
6. TAE和TBE胶:已经用TAE和TBE电泳液配置好的琼脂糖凝胶可以直接放入1× SuperBuffer-2电泳液中按上述电泳条件电泳,但有时候会有扭曲现象。
三:RNA电泳
跟DNA电泳一样,必须在使用前用水将SuperBuffer-2溶液稀释到1×,其使用方法跟DNA电泳的主要区别是:
1.电压:RNA电泳时,zuì高使用电压大约只有DNA zuì高使用电压的一半左右,所以一般minigel可以使用150 V左右的电压。由于各实验室电泳槽规格各异,次电泳时,zuì好将工作电压调到跟MOPS电泳一样的电压,每次再逐渐往上调电压和时间,根据电泳结果和测定缓冲液的温度决定今后的工作电压。
2. RNA上样液:RNA必须与含变性剂的RNA上样液混合,并在80℃保温10分钟后冰浴2-5分钟再上样。不能直接将RNA样品上样或使用DNA上样液,否则电泳不但很难得到清晰的条带,并且在加样孔中还会有看似DNA污染的条带出现。推荐使用百奥莱博生产的RNA变性/上样/染色三合一即用型溶液RNAload。
3.胶浓度:RNA电泳zuì好使用1%-1.5%的琼脂糖凝胶,用1X SuperBuffer-2配制。
4.染色:同DNA电泳。

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