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SY0057 高保真DNA聚合酶

  • 产品/服务:SY0057 高保真DNA聚合酶
  • 型 号:SY0057
  • 品 牌:百奥莱博
  • 单 价:面议 
  • 更新日期:2023-05-06
  • 有效期至:长期有效
  • 浏览次数:886
产品简介

高保真DNA聚合酶由专业试剂供应商北京百奥莱博提供,仅用于生物化学研究方面,我公司专注于核酸扩增(PCR)产品的研发、生产和供应,为您提供的高保真DNA聚合酶质量可靠,批间差小,且价格公道,热切盼望您选购我们的产品。...

产品详细介绍

特别提示:包括高保真DNA聚合酶在内,本公司的所有产品仅可用于科研实验,严禁用于临床医疗及其他非科研用途!


产品名称:高保真DNA聚合酶
英文名称:Pfu DNA Polymerase
产品货号:SY0057
产品规格:100U

Pfu DNA Polymerase 是基于Pfu DNA Polymerase改造而成的新一代超保真DNA聚合酶,具有高的扩增效率和广泛的模板适应性,可用于几乎所有PCR反应。其行进性 (processivity)得到了大幅度提升,即使是非常复杂的模板,也能准确快速的完成反应。其错配率是普通Taq酶的1/53,是Pfu酶的1/6;

与上一代Pfu DNA Polymerase相比,Pfu中添加了独特的延伸因子、特异性促进因子以及平台期解抑制因子,使其长片段扩增能力、扩增特异性性以及扩增产量方面得到了大幅度提升:1)使用λDNA、质粒等简单模板,Pfu 可以有效扩增长达40 kb的片段;2)使用基因组DNA等复杂模板,Pfu可以有效扩增长达20 kb的片段;3)使用cDNA模板,Pfu可以有效扩增长达10 kb的片段。此外,Pfu对PCR抑制剂具有良好的抵抗能力,可用于细菌、真菌、植物组织、动物组织或全血样品的直接PCR。II Pfu中添加了在常温下能够抑制其5’→3’聚合酶活性和3’→5’外切酶活性的两种单克隆抗体,可进行高特异性的热启动PCR。

该酶具有5’→3’聚合酶活性和3’→5’外切酶活性,扩增产物为平端。

产品组份:
Pfu DNA Polymerase(1 U/μl):100 μl
2×PCR buffer:1.25 ml×2
dNTP Mix(10 mM each):100 μl
10×Loading buffer:1.25ml

活性定义:用活性化的大马哈鱼精子DNA作为模板/引物,74℃30分钟内,摄入10 nmol的全核苷酸为酸性不溶物的活性定义为1个活性单位(U)。

质量控制

核酸外切酶残留检测:10 U本品和0.6 μg λ-Hind Ⅲ在74 ºC下孵育1小时,DNA的电泳谱带不发生变化。
核酸内切酶残留检测:10 U本品和0.6 μg Supercoiled pBR322 DNA在74 ºC下孵育1小时,DNA的电泳谱带不发生变化。
大肠杆菌残留DNA检测: 50 μl体系中,加入2U本品,以ddH2O为模板,扩增E.coil 16s rDNA基因。35个循环后扩增产物进行1% 琼脂糖凝胶电泳,EB染色,无扩增条带。
功能检测1:50 μl PCR体系中加入1U本品,以100 ng人基因组DNA为模板扩增30个循环,1% 琼脂糖凝胶电泳,EB染色,观察到单一的8.2 kb条带。
功能检测2:50 μl PCR体系中加入1U本品,以10 ng λDNA为模板扩增30个循环,1% 琼脂糖凝胶电泳,EB染色,观察到单一的15 kb条带。

1 推荐反应体系及反应程序

1.1 反应体系配制:
a. 所Pfu DNA Polymerase 是基于Pfu DNA Polymerase改造而成的新一代超保真DNA聚合酶,具有高的扩增效率和广泛的模板适应性,可用于几乎所有PCR反应。其行进性 (processivity)得到了大幅度提升,即使是非常复杂的模板,也能准确快速的完成反应。其错配率是普通Taq酶的1/53,是Pfu酶的1/6;

与上一代Pfu DNA Polymerase相比,Pfu中添加了独特的延伸因子、特异性促进因子以及平台期解抑制因子,使其长片段扩增能力、扩增特异性性以及扩增产量方面得到了大幅度提升:1)使用λDNA、质粒等简单模板,Pfu 可以有效扩增长达40 kb的片段;2)使用基因组DNA等复杂模板,Pfu可以有效扩增长达20 kb的片段;3)使用cDNA模板,Pfu可以有效扩增长达10 kb的片段。此外,Pfu对PCR抑制剂具有良好的抵抗能力,可用于细菌、真菌、植物组织、动物组织或全血样品的直接PCR。II Pfu中添加了在常温下能够抑制其5’→3’聚合酶活性和3’→5’外切酶活性的两种单克隆抗体,可进行高特异性的热启动PCR。

该酶具有5’→3’聚合酶活性和3’→5’外切酶活性,扩增产物为平端。

产品组份:
Pfu DNA Polymerase(1 U/μl):100 μl
PCR buffer:1.25 ml×2
dNTP Mix(10 mM each):100 μl
10×Loading buffer:1.25ml

活性定义:用活性化的大马哈鱼精子DNA作为模板/引物,74℃30分钟内,摄入10 nmol的全核苷酸为酸性不溶物的活性定义为1个活性单位(U)。

质量控制

核酸外切酶残留检测:10 U本品和0.6 μg λ-Hind Ⅲ在74 ºC下孵育1小时,DNA的电泳谱带不发生变化。
核酸内切酶残留检测:10 U本品和0.6 μg Supercoiled pBR322 DNA在74 ºC下孵育1小时,DNA的电泳谱带不发生变化。
大肠杆菌残留DNA检测: 50 μl体系中,加入2U本品,以ddH2O为模板,扩增E.coil 16s rDNA基因。35个循环后扩增产物进行1% 琼脂糖凝胶电泳,EB染色,无扩增条带。
功能检测1:50 μl PCR体系中加入1U本品,以100 ng人基因组DNA为模板扩增30个循环,1% 琼脂糖凝胶电泳,EB染色,观察到单一的8.2 kb条带。
功能检测2:50 μl PCR体系中加入1U本品,以10 ng λDNA为模板扩增30个循环,1% 琼脂糖凝胶电泳,EB染色,观察到单一的15 kb条带。

1 推荐反应体系及反应程序

1.1 反应体系配制:
a. 所有操作请在冰上进行,各组分解冻后请充分摇匀。为了防止II Pfu DNA Polymerase的校对活性降解引物,请将聚合酶zuì后加入反应体系中。各组分使用完毕后及时放回-20℃。、
ddH2O to 50 μl
2×PCR buffer a 25 μl
dNTP Mix(10 mM each)b 1 μl
模板DNAc optional
引物1(10 μM) 2 μl
引物2(10 μM) 2 μl
Pfu DNA Polymerase(1 U/μl)d 1 μl

【注】:a. 2×II PCR buffer中已含有Mg2+,终浓度为2mM。
b. 请勿使用dUTP和带有尿嘧啶的引物或模板。
c. 不同模板zuì佳反应浓度有所不同,下表为50 μl反应体系推荐模板使用量:
基因组DNA 50 ng~400 ng
质粒或病毒DNA 10 pg~30 ng
cDNA 1~5 μl(不超过PCR反应总体积的1/10)

d. 推荐的酶的终浓度为1U/50 μl反应。然而,根据扩增子的长度和复杂程度不同,可将酶的使用量在0.5-2U/50 μl反应之间进行优化。II Pfu DNA Polymerase具有较强的校对活性,因此,如扩增产物需要进行TA克隆,加A之前必须进行DNA纯化。
1.2 一般PCR反应条件设置:
循环步骤 温度 时间 循环数
预变性a 95℃ 30 sec~3 min 1
变性 95℃ 15 sec 25~35循环
退火b 56℃~72℃ 15 sec
延伸c 72℃ 30~60sec/kb
彻底延伸 72℃ 5 min 1

【注】:a. 推荐大多数模板的预变性温度为95℃,时间为:质粒或病毒DNA,30 sec,基因组/cDNA为3 min;
b.一般来说,退火温度设置为引物Tm值。如引物Tm值≥72℃,可删除退火步骤,直接进行后续的延伸步骤(两步法PCR)。如果需要,可以建立一个温度梯度反应去寻找zuì适引物模板结合温度。此外,退火温度直接决定扩增特异性。如发现扩增特异性差,可适当提高退火温度,每次+3℃。

c.延长延伸时间有助于提高扩增产量。
1.3 长片段PCR 扩增:
*使用高质量的模板,提高模板使用量;
*使用长引物。
*当推荐程序无法进行扩增时,建议尝试下述Touch Down两步法PC
*Touch Down两步法推荐反应条件设置:
循环步骤 温度 时间 循环数
预变性 95℃ 3 min 1
变性 95℃ 15 sec 5
延伸 74℃ 60 sec/kb
变性 95℃ 15 sec 5
延伸 72℃ 60 sec/kb
变性 95℃ 15 sec 5
延伸 70℃ 60 sec/kb
变性 95℃ 15 sec 5
延伸 68℃ 60 sec/kb
彻底延伸 68℃ 5 min 1

2. 复杂样品的扩增
Pfu具有的长片段扩增能力、扩增特异性以及扩增产量,对许多PCR抑制剂具有良好的抵抗能力,可用于细菌、真菌、植物组织、动物组织或全血样品的直接PCR。推荐扩增的样品类型:
样品类型 扩增方式 推荐操作方式(50µl体系)
全血 直接扩增 吸取1-5µl作为扩增模板
滤纸干血渍 直接扩增 剪取1-2mm2滤纸作为扩增模板
培养细胞 直接扩增 取少量细胞作为扩增模板
酵母 直接扩增 挑取单克隆或1µl菌液作为模板
细菌 直接扩增 挑取单克隆或1µl菌液作为模板
霉菌 直接扩增 挑取少量作为扩增模板
精液 直接扩增 吸取少量作为扩增模板
浮游生物 直接扩增 挑取少量作为扩增模板
植物组织 直接扩增 剪取1-2 mm2 组织作为扩增模板
小鼠尾巴 裂解后吸取裂解液扩增 吸取1-5 μl 裂解液作为扩增模板*
食品 裂解后吸取裂解液扩增 吸取1-5 μl 裂解液作为扩增模板*

*样品裂解液制备过程:

**Lysis Buffer:20 mM Tris-HCl,100 mM NaCl,1 mM EDTA,0.1% SDS,pH 8.0。(需自备)

引物设计注意事项
1)引物3’端zuì后一个碱基zuì好为G或者C;
2)引物3’端zuì后8个碱基应避免出现连续错配;
3)引物3’端尽量避免发夹结构出现;
4)引物的Tm值调整至55℃-65℃之间。
5)引物额外附加序列,即与模板非配对序列,不应参与引物Tm值计算;
6)引物的GC含量控制在40%-60%之间;
7)正向引物和反向引物Tm值以及GC含量尽可能一致。

根据您的关注的高保真DNA聚合酶,您可能还对以下产品有需求:

货号 名称 规格
BTN100409 6nt随机引物(0.5 ug/uL) 5μg
YT372 Pfu DNA聚合酶(Pfu酶)(含buffer) 200U|1000U
YT391 dNTP混合溶液(25mM) 250μl
WE0100 PCR Mix(含染料)(滴瓶装) 5ml
WE0102 2×Taq MasterMix(含染料) 1ml|5ml|25ml
WE0109 Babuddy超保真DNA聚合酶 100U


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名称:dNTP溶液(10mM)
货号:BTN51208B
规格:0.5mL
本产品是dATP、dTTP、dGTP、dCTP四种核苷酸的混合液,每种核苷酸的浓度为10mM,纯度在98%以上(HPLC检测),不含DNA内切酶、DNA外切酶、RNA酶和磷酸酶的污染,可以直接用于PCR、RT-PCR、cDNA合成、DNA测序、DNA探针标记等反应。使用浓度根据具体的反应决定,请参考相关手册。

dNTP的分子结构

储存条件:低温运输和-20℃保存、有效期一年。

DNA为何使用2"-脱氧核糖和胸腺嘧啶?
 DNA为何不选择现成的光合作用产物核糖和合成RNA的原料尿嘧啶(uracil)分别作为其糖分子和碱基,而去选择需要额外的合成步骤才能得到的2"-脱氧核糖和胸腺嘧啶(thymine),其原因何在呢?目前的主流观点是:DNA不能选择核糖的原因之一是由于核糖2"位置上的OH基团会使得到的双螺旋骨架结构不均匀、不平行,难以有效地折叠进染色体结构中,而使用2"-脱氧核糖则能得到均匀平行的双螺旋结构;原因之二是核糖2"位置上的OH基团会对邻近的磷酸二酯键进行分子内亲核攻击,降低分子的稳定性,而对遗传物质来说稳定性十分重要,所以DNA选择了失去分子内亲核攻击能力的2"-脱氧核糖。对信使分子而言,稳定性并不重要,所以RNA仍然使用核糖。
 DNA使用胸腺嘧啶的原因是DNA中的胞嘧啶(cytosine)会缓慢水解变成尿嘧啶,如果尿嘧啶也是DNA的正常组成成份,则DNA修复系统就不能区分哪些尿嘧啶是正常的,哪些是需要修复的。使用胸腺嘧啶(比尿嘧啶分子多一个甲基)不但能保持跟尿嘧啶一样的形成碱基对的能力,同时又能跟尿嘧啶区别开来,使DNA分子中出现的任何尿嘧啶都能被尿嘧啶DNA糖苷酶(uracil-DNA glycosylase)发现和修复。

名称:可调式易错PCR试剂盒
货号:BTN160903
规格:100次
易错PCR是利用Taq DNA多聚酶不具有3′→5′校对功能的特性,在一定条件下(如不同的dNTP浓度、Mg浓度和MnCl2存在)能够按较高的机率引入随机引入突变。如果有适当的选择方法,则可从构建的突变库选出所需突变体。易错PCR和常规PCR的比较如下:
易错PCR和常规PCR的比较

产品特点:
1. 即开即用,十分简单方便,尤其在生物制药和酶学研究领域显示出了它的优越性。
2. 配方经过精心优化,实验人员在一定范围内可以控制突变率,一轮PCR的突变率范围在2-8突变/1000bp,更高的突变率可以通过多轮PCR达到。
3.可用于连续易错PCR,只需把上一次易错PCR的产物用作下一次易错PCR的模板即可,使每一次获得的小突变累积而产生重要的有益突变。
4.可以扩增的DNA片段更长,达到3kb,对于3kb以上的产物,建议分段扩增。

试剂盒组成:
成分 规格
Taq DNA聚合酶(5U/μL) 100μl
易错PCR专用dNTP 2.0,10× 300μl
易错PCR Mix 2.0,10× 300μl
易错PCR专用MnCl2 300μl
易错PCR专用dGTP 300μl
超纯水 1ml


储存条件:低温运输,-20℃保存,有效期为一年。

使用方法:

1. 将模板DNA稀释到1ng/uL。将引物稀释到10uM。
 注意:引物是决定易错PCR成败的关键因素,设计引物时要保证其Tm在70℃,长度在25-30nt之间,GC含量在45%-60%之间,3端GC含量低,并且没有发夹结构。
2. 根据每1000bp的预期突变数按下表确定易错PCR的反应条件中MnCl2和dGTP的用量。表中的A表示易错PCR专用的MnCl2,B表示易错PCR专用的dGTP:
预期突变数 2个 3个 4个 5个 6个 7个 8个
A的用量(μl) 0 1.0 2.5 4.0 4.0 4.0 4.0
B的用量(μl) 0 0 0 1.0 2.0 3.0 4.0

3.以30μL的标准PCR反应体系为例,如果反应体系不是30μL,各成分需要按等比例增加或减少。在一干净的PCR管中,加入下列成分
 注意:可以先计算出超纯水的用量,优先加水
成分 用量
超纯水 根据第2步加
易错PCR Mix,10× 3μl
易错PCR 专用dNTP,10× 3μl
易错PCR 专用MnCl2 根据上步
易错PCR 专用dGTP 根据上步
自备DNA模板(1ng/μl) 1μl
自备PCR引物(10μM each) 1μl each
Taq DNA聚合酶(5U/μl) 1μl

4. 按已经优化的PCR条件进行一定循环数的PCR(循环数与突变率的关系见下表),然后取5μL电泳检查。如果没有优化的PCR条件,一般可以先尝试下面的PCR条件(对1Kb长的模板而言):
PCR前变性 94℃ 3分钟
易错PCR(循环30次) 94℃ 1分钟
45℃ 1分钟
72℃ 1分钟

注:易错PCR一般不需要热启动,也不需要在PCR结束后做延伸处理。长度每增
加1Kb,时间延长1分钟。易错PCR循环次数决定每个核苷酸位置的突变几率,进而决定每个PCR产物可能的突变位点数,所以所需循环数由客户根据需要改动。
5.电泳检测是否得到预计长度的PCR产物。
6. 克隆片段进行功能筛选、或者克隆后进行测序分析突变率、或者用此轮PCR的产物为模板,进行下一轮的易错PCR。

疑难解答:
Q:现象:没有PCR产物。
A:可能原因:一是引物没有优化,可以重新设计引物;二是模板DNA太少,可以增加用量;三是模板不纯,zuì好先胶回收;四是溶解DNA的溶液中有EDTA,降低了PCR反应体系的Mg离子浓度,可以适当补加Mg离子。
Q:现象:太多的PCR条带或PCR条带模糊一片。
A:可能原因:一是PCR循环数太多;二是复性温度太低;三是延伸时间太长;四是引物没有优化,可以重新设计引物;五是PCR条件没优化,可以使用touch-down PCR;六是模板有其他DNA污染;七是DNA模板质量不高或者浓度太高。
Q:如果需要更高的突变率,如何办?
A:可以使用连续多次易错PCR来提高突变率。但zuì好先用胶纯化回收PCR片段,再用于下一轮易错PCR。此外不能用少于千分之一的次PCR产物作为第二轮易错PCR的模板,否则多样性将受到影响。第三轮易错PCRzuì好使用所有第二轮的PCR产物作为模板,但需要在10mL体系中完成(可以分成很多100μL体系进行)。


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